dell'antica Pieve di Agno, con lo scopo di raccogliere ed esporre una collezione permanente con monete romane, avelli romani, nord-etruschi e altomedievali rinvenuti nella regione, nonché arredi sacri e due stendardi di Carlo VI d'Austria.

il 15 settembre 1991, nell'ambito del 700° della confederazione svizzera.
L'esposizione permanente era suddivisa in tre settori: archeologico, artistico e di cultura religiosa. Erano esposti documenti d'archivio capitolare e pergamene (una pergamena in particolare porta la data del 735, scritta in lingua merovingia, nella quale si attesta l'esistenza di un "presbiterium" ad Agno) numerose pergamene originali dal 1190 al 1520 munite di sigilli papali riguardanti le nomine dei diversi prevosti della pieve. Benché lo spazio fosse limitato, trovavano posto importanti testimonianze del passato, tra le quali il famoso stendardo di Carlo VI d'Austria, omaggiato anche dal generale Suvorov, che nel settembre 1799 alloggiò per alcuni giorni una parte dei soldati dell'armata austro-russa proprio nella chiesa stessa. Sempre a proposito di Suvorov, in una bacheca vi era una collezione di medaglie che ricordavano la campagna d'Italia delle truppe austro-russe. Al centro del locale era sistemato uno splendido sarcofago longobardo in pietra e due altri sarcofaghi, uno bizantino ed uno di origine nord-etrusca. Vi erano esposte pure tombe nord-etrusche, romane longobarde e bizantine scoperte ad Agno e nelle immediate vicinanze (sarcofaghi), nonché interessanti reperti di antiche ville romane (anfore, vasi, mortai, resti di tubature romane, cocci, amuleti, monete, utensili, ecc.) tutti trovati nella zona di Agno. Le antiche vestigia archeologiche testimoniano con ogni probabilità il fatto che Agno fu il centro di un pagus. Al primo piano erano esposti argenti e tele sacre.

1998 - Le memorie di San Provino
1999 - Suvòrov nella Svizzera Italiana: testimonianze di contemporanei
2000 - Sigi Schumacher, Gente del Malcantone
2001 - I luoghi di Chopin, esposizione fotografica di Hanna Kornarnicki
2003 - La Pieve diAgno
2003 - Nena Airoldi
2003 - Luigi Rusca di Agno: un grande architetto neoclassico a San Pietroburgo
2004 - Maria Boschetti Alberti nel 125° della nascita
2006 - Giordano Passera
2007 - Jean Corty
2010 - Walter Brunner, I ritmi dell'intensità

Il laboratorio Cultura Visiva della Scuola Universitaria Professionale della Svizzera Italiana ha realizzato uno studio a individuazione delle appropriate funzioni e destinazioni d'uso per gli spazi del Museo, rilevandone lo stato, i bisogni e tracciandone potenziali scenari di sviluppo.
Lo studio ha proceduto in prima istanza con l'analisi del contesto: analisi della consistenza e della situazione della struttura esistente; descrizione dell'attuale valorizzazione dei contenuti espositivi (collezione permanente e esposizioni temporanee); analisi delle problematiche inerenti la qualità intrinseca, l'inventariazione, la gestione e la fruizione del patrimonio espositivo; analisi dei fabbisogni dei diversi stakeholder.
Sulla base dell'analisi del contesto e della valutazione dell'esistente, e alla luce del principio di complementarietà in relazione alle altre attrattive culturali e turistiche del territorio, sono stati evidenziati e sviluppati gli obiettivi del progetto e le modalità di realizzazione degli stessi. Sono stati altresì incrociati i diversi bisogni rilevati degli stakeholder e definiti i destinatari del progetto; ipotizzate le sinergie con altre iniziative o istituzioni; individuate le ricadute positive e il valore aggiunto derivante dalla sua attuazione.
Attraverso tali elaborazioni sono state delineate le appropriate destinazioni d'uso degli spazi in esame. Pur non entrando nel merito dei specifici contenuti espositivi, per consentire l'avvio di eventuali fasi operative successive (implementazione e realizzazione), le soluzioni proposte dallo studio hanno avuto un livello di dettaglio per consentire di: verificare la fattibilità tecnica e organizzativa; individuare i rischi con attendibilità; chiarire come e perche sono previsti benefici ed in quale misura. A conclusione dell'analisi si è avuta una fotografia chiara delle caratteristiche del Museo plebano e un quadro esaustivo di elementi valutativi di natura tecnica che, insieme ad altri elementi di opportunità e fattibilità di natura culturale e gestionale, supporti l'Amministrazione e la Commissione del Museo plebano nelle scelte da adottare per l'eventuale rilancio della struttura ed il suo esercizio.
In conclusione alle analisi effettuate sono state avanzate tre ipotesi di potenziali destinazione degli spazi del Museo: galleria, destinazione mista, esposizioni temporanee di lunga durata, nonché ipotesi riguardo a implementazioni per un rilancio di successo: professionalizzazione della gestione, definizione di una chiara politica culturale e rafforzamento della messa in rete.

in cui, durante i mesi di settembre e ottobre, la parte espositiva al primo piano viene alternata con mostre di artisti della regione.

Contemporaneamente viene progettata una nuova immagine grafica coordinata, si crea una segnaletica esterna e si ridefiniscono gli spazi e le strutture all'interno.
All'esterno del museo e nel piccolo atrio sono esposti in permanenza alcuni rari reperti archeologici, storici e di arte sacra.
La nuova immagine, riprodotta su diversi supporti, dalle indicazioni ai manifesti, al piccolo ma esaustivo catalogo, nasce attorno al logo, che s'ispira all'alfabeto nordetrusco presente nei più antichi reperti rinvenuti nella regione, come sulle stele leponzie dove la scritta è racchiusa nella sagoma di un corpo umano. Alcune lettere sono ribaltate per ricordare che l'alfabeto etrusco ha conosciuto nel tempo sia la lettura da sinistra a destra sia quella contraria.